NTFS
Het eerste verschil met FAT is de lengte van de bestandsnamen van maximaal 255 bytes. NTFS is gebaseerd op HPFS (OS/2). NTFS werkt totaal anders als FAT32. Zo maakt NTFS gebruik van metadata. Dat wil zeggen, dat alle relevante gegevens omtrent een bestand zo als de naam, aanmaakdatum, toegangsbevoegdheid, maar ook de inhoud hier worden opgeslagen. Om de gegevens te indexeren maakt Micorsoft gebruik van een B+ boomstructuur, waarvan de details angstvalling door Redmont worden geheimgehouden. Ondanks dit kan Linux prima met NTFS overweg. De MFT, Master File Table beheert alle metadata en de daaraan verbonden directorystructuren van NTFS.
De maximale bestandsgrootte wordt door de capaciteit van het medium bepaald. In tegenstelling tot FAT32 wordt de MFT niet tijdens het formatteren volledig aangemaakt. Dat heeft tot resultaat, dat de MFT tijdens gebruik kan groeien. Een nadeel is echter dat er een kans op fragmentatie bestaat. Een ander en wel bijzonder voordeel van NTFS tegenover FAT is, het feit dat er door NTFS een journaal van de werkzaamheden wordt bijgehouden. Een mutatieproces op het medium wordt stapsgewijs in het journaal bijgehouden. Mocht er een stroomuitval zijn tijdens een mutatie, kan aan hand van het journaal een herstelprocedure worden uitgevoerd.